$ sudo apt-get install php5-xdebug
puis éditer le fichier /etc/php5/apache2/conf.d/xdebug.ini
$ sudo vi /etc/php5/apache2/conf.d/xdebug.ini
pour obtenir les lignes
zend_extension=/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
xdebug.remote_enable=On
xdebug.remote_host="localhost"
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler="dbgp"
Plus d'infos ici: http://doc.ubuntu-fr.org/eclipse_php_xdebug